Los primeros trabajos conjuntos entre la ENA y la FR, fueron el combate al chahuistle, una plaga en las plantaciones de trigo en el centro y al norte del país, y el control de un brote de derriengue o rabia paralítica, que atacaba al ganado vacuno. El control de estas enfermedades se llevó a cabo en los campos experimentales de la ENA utilizando 5 hectáreas que pertenecían a la entidad, además de laboratorios, invernaderos, maquinaria agrícola, talleres y almacenes; las instalaciones de la ENA también funcionaron para la mejora genética de semillas y su adaptación a las distintas regiones del país, la lucha contra plagas y enfermedades y la mejora de los suelos y las técnicas de operación.
Bajo estas condiciones en 1943 inició el Proyecto Agrícola Mexicano (PAM), génesis de la Revolución Verde, Este Programa estuvo orientado a incrementar la producción, por lo que requirió de inversiones elevadas, transferencia tecnológica de EEUU, modificación de los suelos y los cultivos y grandes extensiones de tierra fértiles e irrigadas. Se hizo énfasis en el mejoramiento genético de la semilla, la divulgación científica y la asesoría a los trabajadores campesinos. El PAM también promovió la capacitación de técnicos que colaboraron como ayudantes de la OEE. Algunos fueron becados para programas de especialización en EE.UU. Los alumnos de la ENA trabajaron en la estación experimental de la zona y los profesores coordinaron las investigaciones. En pocas palabras, la comunidad de la ENA fue la mano de obra especializada de la Revolución Verde. El reclutamiento de los estudiantes más destacados y el programa de becas tuvo consecuencias importantes, tras el gran impacto en la comunidad científica internacional y el éxito en el mejoramiento de las semillas, los impulsores del PAM se dieron cuenta de la efectividad de la Revolución Verde contra las ideas agraristas.
El PAM generó más aceptación que rechazo en el gremio de los agricultores. Los programas de fitomejoramiento, el estudio y la modificación genética de las semillas, la elevación de la producción, el estudio de suelos o la introducción de nuevas especies colocaron a la ciencia mexicana a la vanguardia del desarrollo científico a nivel mundial, en la antesala de la modernidad. Además, durante sus 17 años de funcionamiento la agronomía mexicana interesó a muchos jóvenes ya que abrió una ventana de oportunidades para la consolidación de una agroburocracia dentro del Estado. Para 1960 el PAM había otorgado 155 becas a agrónomos de la ENA y contaba con 550 empleados; 52 agrónomos se habían doctorado en universidades estadounidenses. Además, las empresas agrícolas paraestatales empleaban a centenas de agrónomos en el país.
Con el objetivo de desarrollar la investigación y para elevar la producción los especialistas de la FR realizaron una división geoagrícola del territorio mexicano a partir de los ecosistemas y las fronteras culturales de México. Como apunta Diana Méndez, los científicos de la comisión dividieron los centros de producción en 4 zonas: La Mesa Central, con sede en la ENA, Chapingo; el Bajío, con sede en La Cal, Guanajuato; las Zonas Tropicales, con sede en Cotaxtla, Veracruz y la zona Pacífico-Noreste, con sede en Ciudad Obregón, Sonora. Esta división consolidó a la ENA como el laboratorio de la Revolución Verde pues resultaba benéfica incluso en el aspecto geográfico: “la situación en Chapingo es ideal” reseñó Harrar en su primer informe de la FR puesto que está próxima a la Ciudad de México y es representativa de la mayor parte de la Mesa Central de México.
El éxito del PAM en el aumento de la producción agrícola fue inapelable. En 1951 las variedades de trigo desarrolladas dentro de las parcelas de la ENA ocupaban el 70% de todas las plantaciones; para 1960 abarcaban el 80% y para 1968 el 90%. Se logró la exportación de trigo, arroz, maíz y hasta garbanzo producidas en el país. La ENA se erigió como el centro de experimentación agrícola para Latinoamérica. Desde 1947 la fundación becó a 3 estudiantes colombianos y admitió a estudiantes de países de América Central.
El convenio con la fundación y la progresiva modernización de la agricultura en el país tensionó el modelo corporativista del Estado, cuya legitimidad se sostenía en gran medida en los apoyos a la agricultura tradicional en el entorno campesino. Para eso fundó paralelamente el Instituto de Investigaciones Agrícolas (IIA), institución que buscó a su manera la continuidad de la reforma agraria, aunque sobrevivió con serias dificultades pues el presupuesto gubernamental lo absorbió la OEE en mayor medida.
Los logros de la Revolución Verde en México sólo constituyeron el anverso de un proceso que resultó contraproducente: “todo documento de cultura es un documento de barbarie.” Además de modificar la propiedad de la tierra, la agricultura tradicional y los hábitos de consumo de aquella, se topó con diversos problemas: los suelos comenzaron a erosionarse y perdieron su riqueza orgánica primigenia, la introducción de fertilizantes e insecticidas resultó insuficiente para las plagas que desarrollaron mutaciones e hicieron a los cultivos dependientes de estos insumos. La reproducción a escala ampliada era insostenible y estas prácticas marginaron a los campesinos y jornaleros.
Otro aspecto determinante de la FR en la ENA fue el cambio del paradigma de la enseñanza. Desde 1946, la Ley de Educación Agrícola Superior propuso la creación del Colegio de Postgraduados (CP) para impartir cursos de posgrado en educación agrícola. El CP, la primera institución de su tipo en América Latina, fue uno de los logros académicos más importantes de la FR en México: los especialistas del PAM consideraron la especialización de científicos resolvería los principales de la agricultura en la región pues conjugaba los beneficios anhelados por el gremio agronómico. En este reordenamiento, también se fundó el Centro Internacional de Mejoramiento del Maíz y el Trigo (CIMMYT), centro neurálgico dedicado a las investigaciones sobre estos dos insumos.
La presencia de la Fundación Rockefeller en la ENA contribuyó a la solidificación de un ethos y un logos particular que condicionaron la vida cotidiana de los estudiantes. Estas circunstancias atravesaron las relaciones entre los alumnos y los maestros; entre las autoridades gubernamentales y la comunidad estudiantil, así como las maneras de convivencia, las jerarquías y los reglamentos fueron influidos por el paradigma del desarrollo modernizador de la agricultura.
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